*忘加抗生素，非质粒转化细胞过度生长-建议：确保固体、液体培养基中都加入了适当的抗生素。

*细菌培养时间太长，老化细菌开始裂解-建议：接种过夜培养的新鲜单菌落于加了合适抗生素的培养基中，培养12-16个小时。

*使用了低拷贝数质粒-建议：使用高拷贝数质粒，低拷贝数质粒应该适当加大处理体积。

*细菌培养时间过短，细菌浓度过低-建议：细菌培养到[A₆₀₀]吸光值为2­-4时，收集菌体。

*细菌细胞裂解不完全-建议：使用建议的菌体处理量，不要过量；涡旋或者吹打，确保菌体充分重悬于溶液P1中，不应该见到未散开的细菌团块；加入裂解液P2后，应该是粘稠和透明的。

*质粒DNA产量使用分光光度计定量不准确-建议：分光光度计定量常常偏高，使用琼脂糖电泳/EB染色定量。

*洗脱效率不高-建议：请阅读操作步骤9和注意事项6。

*漂洗液WB中忘加无水乙醇-建议：第一次实验时，在漂洗液WB中加入指定量无水乙醇

*质粒洗脱液含有较多乙醇，琼脂糖电泳/EB染色定量时质粒DNA漂出上样孔-建议：确保已经做了步骤9，将离心吸附柱的残留乙醇去除；或者适当提高上样缓冲液浓度。。

*忘记做步骤9，乙醇抑制了酶切反应-建议：做步骤9，然后空气中晾几分钟，让残留乙醇挥发。

*一些硅基质膜成分一起洗脱下来，抑制了酶切反应-建议：将洗脱的回收DNA溶液13,000rpm再离心1分钟，小心取上清使用。

*核酸酶活性太高-建议：确保已经做了步骤6，使用去蛋白液PE去除核酸酶。

*裂解时基因组DNA被剪切打断了-建议：做步骤3时，轻柔颠倒混匀，不要涡旋或者剧烈震荡。

*步骤3裂解时间过长-建议：裂解时间不要超过5分钟。

*第一次做实验时，忘记将RNase A 加入P1溶液，RNase A失活或者起始处理量过量-建议：第一次实验前确保将RNase  A加入了溶液P1；P1溶液超过3个月的，可加入一些新RNase A；处理量不要过量；菌体重悬于P1溶液后可放置几分钟让RNase A充分作用后再进行下一步。